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振飞和黄得功给他们发放了一定的安家费和路费，这部分士兵也有一两万人。
七八万明军留下的只有一万二千人，这些人都是黄得功精心挑选后留下的，留下的官兵被编成了杭州守备师，马应魁被任命为守备师师长，由一师和二师抽调骨干进行强化训练。
解决杭州问题花了半个多月，问题解决之后，大军继续向南方开进。
虽说大军南下是以迎击清兵的名义，但任谁都看出来了，其主要目的还是为了巩固临时政府对前南明属下的治理，在大军威慑之下，路振飞和黄得功两人对各府县的改组和对军队的整编倒是极为顺利，再过两天，大军就要进入福建境内了。
三个师进入福建以后一下加快了速度，由不得他们不着急，两广报急的文书已经象雪片一样飞向南京。
就在临时政府巩固属下治理的时候，洪承畴并没有停着，二十几万清兵在洪承畴的亲自带领下象两广发动了猛攻。
清兵兵分东西两路，东路十六万人由洪承畴亲自率领，智顺王尚可喜的“天助军”也在其中（前文有误，把孔有德的部队误认为天助军，大家见谅），朝广东境内长驱直入，正在猛攻韶州（今广东韶关）。
西路十一万人由多罗贝勒博洛率领，从湖南永州出发，前锋已经抵达广西柳州。
考虑到向两广进军的清兵人数极多，罗剑担心两师一旅人数太少，又让骑兵师全数赶了上来，西进大军由刘肇基统一指挥。
如此一来，南京已经没有了驻军，在史可法的提议下，又将七师也就是扬州守备师调至南京，直接驻进了京营，一边加强训练，一边负责南京的防守。
临时政府派来大量援军的消息极大地鼓舞了广东明军的士气，清兵在韶州就受到了顽强的抵抗，主攻韶州的天助军猛攻了八天，韶州城却依然在明军手中。
洪承畴见明军抵抗实在顽强，天助军竟无法攻下城墙并不高大的韶州城，急从军中抽调了几十门火炮，开始对韶州城猛轰。
韶州并不高大的城墙没有坚持多久，城墙终于被轰蹋，韶州也被天助军占领，进入韶州的尚可喜丧心病狂地下达了屠城的命令，韶州城中三万多军民全数被清兵杀害。
福建多山的地形严重影响了大军前进和军需物资的运输，尤其是阎应元的炮兵行动极为不便，照现在这个速度走下去，恐怕一个月也无法赶到广州。
无奈之下，刘肇基只得率大军从南平转向福州，准备从海上向广东进军。
临时政府的海军舰队正全力向硫球运送人员和物资，现在并未返回，等他们回来恐怕时间上已经来不及。
好在福州的郑芝龙倒是向临时政府递交了效忠信，表示愿意服从临时政府的领导，刘肇基前往福州，就是要用郑芝龙的水师运输军队和物资。
得知大军在福建被耽搁，路振飞和黄得功也放下了浙江的工作，紧急赶往福建，他们也要借助大军的军威一鼓解决福建的问题。
福建水师参将郑芝龙是郑成功的父亲，自从郑成功加入了扬州军以后，虽一次都没回过福建，但往来书信从不曾间断，郑芝龙对扬州和现在的南京临时政府倒也知之甚详，对以前扬州军的几艘军舰印象尤其深刻。
当初他也曾不顾父子之情，派人对郑成功率领的舰队下过手，结果被收拾得极惨，这让他对扬州军的海上力量大为忌惮，从那以后，郑成功做他的工作就容易多了。
历史上郑芝龙于1646年就投降了满清，当时因郑成功阻止，只带着不多的心腹北上降清，结果被满清大臣苏克萨哈杀害。
现在因扬州军的发展壮大，南明朝廷一直相对比较稳定，郑芝龙自是不会生出投降满清的心思。
南明朝廷被灭后，南京临时政府很快下达了通告，接替了对南明属地的管辖，郑芝龙因对扬州军了解甚深，除了想保全自己的地位，倒也没有生出其他的心思。
况且他十分清楚，南京的那位大都督不知何故，对自己儿子郑森极为器重，眼见着儿子在临时政府中前途远大，郑芝龙自是不会拖了儿子的后腿，就为这个，他对郑鸿逵不接受临时政府整编，带水师跑到福建一事十分不满，兄弟两人现在还闹着别扭。
现在国防军欲借他的水师运兵，郑芝龙自是满口答应下来，在刘肇基派人告知后，即刻着手准备船只，做好了一切准备，甚至连国防军的粮草都准备齐全了，倒让临时政府省了许多粮草。
从南平转道福州，仍是花了国防军十多天的时间，刘肇基和李成栋等人都是心急如焚，想到到海上乘船基本不消耗体力，二人都是命令部队以急行军的速度朝福州进发，而阎应元的炮兵却拖到了后面。
此时洪承畴率领的清兵已经*近广州。